Za popoln vtis bonsaja ni pomembna samo oblika drevesa, nič manj pomembna ni tudi posoda, v kateri ta raste. Posode, ki so iz naravnih materialov, gline ali kamna, vedno stojijo na podstavkih.

Že sam prevod besede bonsaj pomeni - "drevo v posodi". Posoda je pomemben del kompozicije, ki umetnino dopolnjuje in zaokrožuje. Bonsaja brez posode ni.

Zato je dobro vedeti, da listavce običajno sadimo v glazirane, iglavce v neglazirane posode. Pravo posodo za določeno drevo včasih iščemo tudi več let. Cene posod lahko dosežejo nepredstavljive vrednosti, od 200 pa do nekaj tisoč evrov.

Dandanes po vrtnarijah in cvetličarnah že vse, kar ima malce lepše oblikovano krošnjo, prodajajo pod imenom bonsaj in s tem umetnosti delajo veliko škodo. Drevesa namenjena sajenju v vrt (nivaki) niso bonsaji; nimajo potrebnih razmerij, niso tako izpovedna kot bonsaji, predvsem pa niso posajena v posode in niso namenjena razstavljanju.